Sekitar awal abad ke-16, Kerajaan Banten mengirim pasukannya untuk membantu Kerajaan Demak yang sedang menggempur benteng Portugis di Sunda Kelapa (Jakarta sekarang). Sungai di mana pasukan Tubagus Angke bermarkas kemudian dikenal sebagai Kali Angke dan daerah yang terletak di ujung sungai ini disebut Muara Angke.
Pendapat yang lain dikemukakan oleh Alwi Shahab, salah seorang penulis dan budayawan Betawi. Menurutnya, kata "angke" berasal dari bahasa Hokkian, yakni "ang" yang berarti merah dan "ke" yang berarti sungai atau kali. Hal ini terkait dengan kejadian tahun 1740, saat Belanda membantai 10.000 orang Tionghoa di Glodok, yang membuat warna air Kali Angke yang semula jernih menjadi merah bercampur darah. Namun, menurut budayawan Betawi Ridwan Saidi, kata "angke" berasal dari kata dalam bahasa Sanskerta, "anke", yang berarti kali yang dalam.
Nama Angke sebenarnya sudah ada jauh sebelum terjadi pembantaian Tionghoa di Batavia di tahun 1740 (pertengahan abad ke 18) . Dalam sejarah kota Jakarta disebutkan pada abad ke 16 dan awal ke abad 17, penguasa Jayakarta (nama Jakarta dahulu) ketika itu bernama Pangeran Tubagus Angke (1570-1600 ?), sebagai Adipati Jayakarta kedua dan bawahan (vasal) kesultanan Banten serta peneru Fatahillah. Anak dari Pangeran Tubagus Angke ini adalah Pangeran Jayakarta yang disebutkan oleh orang Inggris dan Belanda sebagai “Regent of Jakarta” atau “Koning van Jacatra”. (Tempat-tempat bersejarah di Jakarta, A. Heuken SJ).
Penduduk Tionghoa sendiri sudah ada sebelumnya di kota ini, dan kemudian harinya bertambah lagi dengan orang-orang Tionghoa yang berdatangan dari Banten dan terutama sesudah Banten (dibawah Sultan Ageng Tirtayasa) dikuasai oleh Belanda. “Ratu Bagus Angke” yang juga adalah menantu dari Sultan Hasanuddin, penguasa Banten yang dinikahkan dengan putrinya Ratu Pembajun. Dia disebut Ratu Bagus Angke, karena ditempatkan didaerah dekat kali Angke di Jakarta. Ketika itu kali Angke merupakan perbatasan Antara wilayah kekuasaan Banten dan Jayakarta sebelum dipindahkan dikemudian harinya ke sungai Cisadane. Nama Pangeran Tubagus Angke kini dijadikan nama jalan di Angke yang dahulunya bernama “Bacherachtsgracht”. Menurut Denys Lombard, Angke adalah berasal dari kata Tionghoa yang berarti “Riviere qui deborde’, yakni kali yang suka banjir. Di pemukiman-pemukiman yang mayoritas penduduknya orang Tionghoa pada jaman dahulu, terutama di kawasan kota lama seperti di Jakarta Utara, tak jarang nama lokasi atau jalan berasal dari bahasa atau dialek Tionghoa.
Cerita lain pada abad ke 17 i, Arung Palakka (pahlawan dan bangsawan Bugis dari Bone) berserta pengikutnya pernah bermukim di Angke pada tahun 1663 sebagai tempat penampungan dan pengungsian sementara di Batavia setelah terdesak oleh kerajaan Gowa di Sulawesi Selatan ketika itu. Kemudian di tahun 1666 Arung Palakka kembali bersama pengikutnya dan tentara VOC lainnya ke Makassar untuk menaklukan Sultan Hasanuddin dari kerajaan Gowa di Makassar.
Pengikut Arung Palakka ini adalah prajurit-prajurit tangguh yang disegani lawan (warrior) dan dinamakan “Toangke” , yakni “orang dari Angke” (People of Angke), dinamakan demikian karena tempat pemukimannya di Jakarta terletak di daerah sekitar kali Angke ketika itu. (“The Heritage Of Arung Palakka”, Leonard Y. Andaya).
Jika merujuk pada cerita diatas bisa dibenarkan pula, karena mayoritas penduduk muara angke saat ini adalah keturunan bugis yang lama menetap dikampung nelayan, disamping sebagian suku jawa,sunda dan berbagai daerah di Indonesia.
Geografis Muara Angke
Kawasan Muara Angke mempunyai kontur permukaan tanah datar, dengan ketinggian dari permukaan laut antara 0 sampai 1 meter. Geomorfologi kawasan pantainya lunak sehingga daya dukung tanah rendah dan proses intrusi air laut tinggi, sedimen dasar laut dominan oleh lumpur (lempung dan lanau). Pasang surut kawasan ini mempunyai sifat sehari tunggal dan kisaran antara surut tertinggi dan terendah adalah 1,2 meter dan gerakan periodic ini walaupun kecil tetap berpengaruh pada kondisi pantai kawasan ini. Arus laut pada musim barat berkecepatan 1,5 knot dengan ketinggian gelombang antara 0 – 1 meter, jika terjadi angin kuat gelombang dapat mencapai 1,5 sampai 2 meter.
Di kawasan tersebut pemerintah telah membangun Tempat Pelelangan Ikan, gedung pasar grosir ikan, gedung pengecar ikan, kios, gudang, kantor yang dimanfaatkan oleh para pengusaha perikanan, kios pujaseri, tempat pengepakan ikan dan berbagai fasilitas penunjang lainnya. Fasilitas yang dibangun pemerintah pada umumnya dapat dimanfaatkan secara baik oleh para pengusaha dan memberikan manfaat luas terhadap masyarakat perikanan, baik berupa penyediaan lapangan kerja maupun keuntungan lainnya bagi masyarakat.